Fue el encargado de la organización de la logística de transportes del Holocausto. Hombre tenaz en el cumplimiento del deber, era una persona muy dada a cumplir las estadísticas que se le exigían, y los judíos eran para él "estadísticas", aunque según sus declaraciones en el juicio que se le realizó por sus crímenes de guerra en 1960 en Israel, no era un antisemita fanático, de hecho, como muchos otros alemanes, se encontraba emparentado de alguna manera con judíos. Al final de su vida se defendió arguyendo que su participación en el Holocausto se limitó a ser un simple ejecutor de órdenes superiores y no una figura de la talla de Reinhard Heydrich o Heinrich Himmler. Sin embargo, lo cierto es que entró en conflicto con estos en numerosas ocasiones debido al excesivo celo que puso en la idea de la "solución del problema judío", yendo incluso más allá de las órdenes recibidas, ya que, cuando a finales de la Segunda Guerra Mundial Himmler decidió acabar con los asesinatos masivos de judíos, Eichmann continuó dando las órdenes pertinentes para que se siguieran produciendo. Antes de 1939, cuando Alemania contemplaba la posibilidad de expulsar a los judíos en lugar de exterminarlos, Eichmann fue uno de los principales interlocutores nazis con el movimiento sionista, el cual estudió la posibilidad de facilitar la emigración judía a Palestina. En la misma línea, fue una de las personas que pensaron en la viabilidad de crear un Estado judío en Europa del Este. En 1939 se opta por la deportación masiva de los judíos alemanes a guetos habilitados en Polonia, y en 1942 se celebra la Conferencia de Wannsee organizada por Heydrich, en la que se lanza definitivamente la llamada "Solución Final". Eichmann, que participa en la Conferencia, queda encargado de la logística de las deportaciones hacia los campos de concentración. Es el artífice de la creación de los Judenräte ('Consejos judíos'), que colaboraban en las deportaciones facilitando la identificación de los habitantes de los guetos. Esto se hacía confeccionando la lista de personas a deportar, inventariando sus bienes, etc.