Tras su coronación, Isabel I se dispuso a resolver los graves problemas económicos, políticos y religiosos de su reino, siendo el más urgente la grave agitación religiosa provocada en los últimos años por el nefasto gobierno de su hermana María. El 25 de enero de 1559, Isabel abrió su primer parlamento para poner las cosas en orden. Se dice que al ingresar a Westminster, la reina enfureció al ver los cirios encendidos de los católicos, clara señal de desafío a su autoridad. «¡Apaguen esos cirios ahora!» ordenó con voz atronadora, «Podemos ver muy bien sin ellos». La furia de Isabel sólo se aquietó al abrirse la sesión: el Dr. Richard Cox, antiguo tutor de su hermano Eduardo, profirió un aplastante sermón contra los católicos, llamándolos asesinos por su complicidad en las persecuciones marianas y pidiéndole a Isabel que reprima inmediatamente dichas prácticas, termine con la idolatría, destruya las imágenes y acabe con la tiranía papal que había subyugado al país por los últimos 5 años.

Al empezar la sesión, Isabel dejó bien claro que si esperaban manipularla fácilmente por su condición de mujer, estaban muy equivocados. Dos actas fueron sometidas a votación: la primera de uniformidad, que devolvía los asuntos religiosos al estado, y la segunda de supremacía, declarando a Isabel como cabeza suprema de la iglesia en Inglaterra y estableciendo un nuevo (ligeramente modificado) libro de oración común. Así, el acta devolvía las cosas a como estaban a la muerte de Eduardo: Se restauraron 10 actas que María I había revocado, y se ajustó significativamente la definición de lo que según el nuevo orden constituía herejía. Todos aquellos que desearan ocupar cargos públicos, civiles o eclesiásticos debían hacer el juramento a la supremacía. Violar, contradecir o cuestionar la autoridad real, por tanto, era considerado traición y castigado con prisión o la muerte. El juramento se extendió más adelante a los miembros del Parlamento y a los estudiantes universitarios.

Isabel no persiguió a los laicos disidentes (aquellos que no seguían las reglas establecidas para la Iglesia de Inglaterra), siempre que sus acciones no socavaran directamente la autoridad del monarca inglés, como sí lo había hecho su hermana María. El acta, por tanto, no establecía castigos por creencia religiosa sino por cuestionar la supremacía real. La conciencia de los ingleses, los secretos de su alma o lo que hicieran en privado no le interesaban a la reina, en tanto se mantuvieran leales y no amenazaran su vida.

«No es mi intención convertir en ventana el espíritu de los hombres» declaró Isabel. «La religión que profesen no es de mi incumbencia, en tanto me sean leales a mi»

Durante sus primeros años de reinado, Isabel practicó una tolerancia y clemencia religiosa, en un intento de armonizar las relaciones entre ambos bandos. Los católicos, sin embargo, no tardaron en revelarse, cuestionar su legitimidad e incluso tratar de asesinarla, con el fin de reemplazarla por María Estuardo