prototypes ayant mené au Bf 109E
Bf 109 V11 et V12 prototypes avec un moteur Daimler-Benz DB-600A
Bf 109 V13 machine de record avec un moteur Daimler-Benz DB 601 gonflé
Bf 109 V14 et V15 prototypes des E-0 et E-1, moteur Daimler-Benz DB 601
Bf 109 V16 et V17 prototypes des E-3 avec une structure renforcée
présérie Bf 109 E-0, 3 exemplaires, numérotés de V18 à V20, armé de 2 MG 17 de capot et 2 dans les ailes
Bf 109 E-1
moteur Daimler-Benz DB 601A-1 de 990 ch, armé de 2 MG 17 de capot et 2 dans les ailes, 1183 exemplaires
dérivés : 110 Bf 109 E-1/B version de chasse-bombardement, avec lance-bombe ETC-250 sous le fuselage
60 Bf 109 E-8, à long rayon d'action avec lance-bombe ETC-250 sous le fuselage, capable d'emporter un réservoir de 300 litres
Bf 109 E-9, conversion pour la reconnaissance photographique du E-8 gardant seulement les MG 17 de capot
Bf 109 E-3
version la plus produite, armée de 2 MG 17 de capot et de 2 MG FF dans les ailes, moteur DB 601A-1 ou DB 601Aa de 1050 ch
dérivés : 10 Bf 109 T-0, présérie du Bf 109T (T = Träger), version destinée à servir sur les porte-avions en construction, le Graf Zeppelin et Flugzeugträger B
50 Bf 109 T-1 série du Bf 109T, reconvertie par la suite en T-2, par le retrait des équipements d'aéronavale
Bf 109 E-3a, version d'exportation, moteur Daimler-Benz DB 601Aa de 1050 ch
Bf 109 E-5, version de reconnaissance, 2 MG 17 de capot, moteur Daimler-Benz DB 601A de 990 ch
Bf 109 E-4
MG FF remplacés par des MG FF/M, verrière plus anguleuse
dérivés : /B version de chasse bombardement, avec lance-bombe ETC-250 sous le fuselage
/N moteur Daimler-Benz DB 601N de 1175 ch ; /Trop version tropicalisée, Bf 109 E-6, version de reconnaissance, moteur Daimler-Benz DB 601N de 1175 ch
Bf 109 E-7
E-4 à long rayon d'action avec lance-bombe ETC-250 sous le fuselage, capable d'emporter un réservoir de 300 litres
dérivés : /N, moteur Daimler-Benz DB 601N ; /NZ, système de surpuissance GM-1, DB 601N ; /Trop, version tropicalisée
/U1, avec un système de refroidissement blindé ; /U2, E-7/Trop avec une plaque blindage dans la partie inférieure du moteur
/U3, conversion pour la reconnaissance du E-7