En la Zona del Silencio también existen áreas con gran concentración de fragmentos de aerolitos, así como especies endémicas, como lo es la tortuga del desierto, reptiles únicos en el mundo y abundantes nopales violáceos. También se puede encontrar especies vegetales como la gobernadora, la sabaneta, ocotillos, magueyes y cactáceas, algunas de ellas endémicas. La fauna incluye liebres y conejos, ratones y ratas canguro, zorros, coyotes y búhos. Al igual que la vegetación, los animales sufren adaptaciones especiales que les permiten vivir en las condiciones adversas de esta árida región.

En 1974 se estableció en la zona una reserva de biosfera, que inició bajo la dirección del Instituto de Ecología, con la participación activa del Gobierno del estado de Durango, CONACYT, INIREB, IPN, SEP, Comités MaB-México y MaB-E. U., École Normale Supérieure de París, Universidad de Arizona, Musée National d’Histoire Naturelle de París, UNAM y otras organizaciones.