Fast 30 Minuten blickt der Film zurück, zeigt eine Welt, die parallel zu der Bournes existierte, und Byer (Edward Norton), den Drahtzieher im Hintergrund, der schließlich eine skrupellose Entscheidung trifft, als mit der Enttarnung des Treadstone-Programms am Ende von "Das Bourne Ultimatum" auch die anderen Geheimoperationen von Enthüllung bedroht sind.