Au cours des dernières décennies, les populations de macaques de Barbarie au Maroc et en Algérie ont régressé de manière dramatique.

Les causes principales sont :
- la détérioration des habitats naturels (surexploitation des forêts, surpâturage par les troupeaux de chèvres et de moutons) mais aussi;
- le commerce illégal (tous les ans on estime à environ 300 le nombre de bébés Magots prélevés au Maroc pour être revendus comme animaux de compagnie).

Les scientifiques estiment qu'il reste moins de 10.000 individus en Algérie et au Maroc (23.000 individus en 1978).

Le Macaque de Barbarie est classé depuis 2008, espèce en danger par la Liste Rouge UICN (Union Internationale pour la Conservation de la Nature).

Il figure aussi en annexe 2 de la Convention de Washington, convention sur le commerce international des espèces de faune et de flores sauvages menacées d'extinction.