Más desconocida es la pasión de Isaac Newton por la alquimia, a la cual dedicó casi treinta años de su vida, y cuyos trabajos permanecieron ocultos durante mucho tiempo. Newton, que conocía perfectamente la diferencia entre alquimia y química, consideraba secretos estos trabajos "esotéricos", y los ocultó a sus coetáneos, al igual que su pensamiento arriano, ya que de haberse sabido le hubiese costado su cátedra en Cambridge. Con posterioridad a su muerte, el conde de Portsmouth, heredero de sus escritos, se negó igualmente a su publicación.