Основан в 1656 году патриархом Никоном как подмосковная резиденция патриархов. Монастырь был построен на землях села Воскресенское (Сафатово), купленных Никоном у стольника Романа Боборыкина. Здесь патриарх неоднократно останавливался на ночлег, проезжая по старой Волоколамской дороге в Иверский монастырь. По замыслу Никона, он в будущем должен был стать центром православного мира. Под Москвой воссоздавался образ «Святой Земли» — «Русские Палестины». Близлежащие окрестности монастыря получили палестинские наименования.

На холме, прозванном Сион, был заложен мужской монастырь. К востоку от монастыря располагался Елеонский холм, на севере — холм Фавор, река Истра была переименована в Иордан. Был также основан небольшой женский монастырь — Вифания. Некоторые здания повторяют очертания сооружений Иерусалима, как, например, Воскресенский собор (1656—1685), построен по образу и подобию Храма Гроба Господня.