La estimulación magnética transcraneal (EMT) se suma a las herramientas terapéuticas de importantes enfermedades neuropediátricas como el trastorno de déficit de atención e hiperactividad, el autismo y la epilepsia. La aplicación de la EMT, que ya ha dado buenos resultados en trastornos la depresión, síndromes de dolor y rehabilitación, también puede consolidarse en el tratamiento de enfermedades neuropediátricas, aunque los estudios aún están en fases más o menos iniciales. Con ella se puede aumentar las áreas que tienen baja actividad, como ocurre en algunas de los niños autistas, que presentan dificultades en el desarrollo del lenguaje o en los niños con trastorno de déficit de atención e hiperactividad (TDAH), y con dificultad para el aprendizaje; pero también se puede emplear para reducir la actividad en aquellas células y neuronas cuando están sobreactivadas, como ocurre en los focos de epilepsia.