Stéphane Guillon a plusieurs fois épinglé Philippe Val, directeur de France Inter depuis l'été 2009, et Jean-Luc Hees, président de Radio France nommé par Nicolas Sarkozy durant l'été 2009, les accusant de mettre l'humour à l'index lorsqu'il touche les puissants, en particuliers les hommes politiques.
Jean-Luc Hess annonçait que Stéphane Guillon et Didier Porte ne seraient pas reconduits à la rentrée 2010, éviction commentée le matin même par Guillon dans sa chronique. Dans cet ultime billet, il déplore la « liquidation totale des humoristes » et les pratiques actuellement en cours à France Inter, dont il revisite le slogan « France Inter : écoutez l'indifférence ! ». De nombreuses personnalités politiques ou du monde de la radio ont réagi suite à ce non-renouvellement de contrat, principalement pour dénoncer la perte d'indépendance de Radio France et en particulier de France Inter. Une lettre ouverte est diffusée à destination des auditeurs de la radio, dans laquelle le personnel de France Inter se dit sous le choc et rappelle son attachement indéfectible à la liberté de ton, à l’impertinence, à l’exigence, à la différence, tandis qu'une pétition est lancée par des auditeurs et des salariés de Radio France (réunissant plus de 40 000 signatures au 1er juillet).

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2010