En 2285, le Docteur Carol Marcus, un ancien amour de l'Amiral Kirk, et son fils David, terminent la simulation finale du projet Genesis, un projet destiné à créer la vie là où il n'y en a pas, sur le laboratoire Regula 1. Le Docteur Marcus est consciente que le projet Genesis pourrait également devenir une arme terrifiante.

Au même moment, L'USS Reliant arrive à Ceti Alpha VI avec pour mission de rechercher des signes de vie sur une planète, un site possible pour Genesis. Curieux, le Capitaine Terrell et Chekov se rendent sur la surface où ils sont confrontés par Khan Noonien Singh, un ancien tyran des guerres Eugéniques Terriennes, exilé sur la planète en 2267 par le Capitaine Kirk. Khan profite de cette instrusion sur sa planète d'exil pour assouvir sa vengence contre Kirk et prend le contrôle du Reliant.