Derek Trucks remplace Pearson en 1999, il n'est autre que le neveu de Butch Trucks, membre original du groupe.
En 2000, le groupe refusa que Dickey Betts se joignît à la tournée estivale pour des raisons personnelles et professionnelles. Il fut donc remplacé par Jimmy Herring. Betts intenta un procès au trois autres membres et la séparation estivale tourna à la rupture définitive. Le groupe sortit tout de même un nouveau CD live Peakin' at the Beacon enregistré au Beacon Theater de New York. La même année, l'ancien bassiste Allen Woody est retrouvé mort le 26 août.
On demanda à Warren Haynes de rejoindre le groupe. L'album Hittin' the Note, produit par W. Haynes, sortit en 2003 et conquit à la fois critiques et public.
The Allman Brothers Band obtient deux nominations aux Grammy Award de la meilleure performance instrumentale en 2003 et 2004 pour le même titre Instrumental Illness.
Le groupe a su renouveler son public en partageant la scène avec des groupes plus jeunes.