L'histoire se déroule au cœur d'une période de guerres féroces et de troubles majeurs.

Le clan ninja Azuma célèbre les cérémonies traditionnelles marquant la fin de son année de deuil suivant la mort tragique de Rikimaru. Dans le même temps, le pays du seigneur Gohda fête la fin de la quatrième saison de paix depuis la défaite du seigneur Mei-Oh (dans Tenchu: Stealth Assassins). Les ninjas Azuma sont les seuls à connaître la vérité à propos de la disparition du seigneur Mei-Oh à travers un portail après sa défaite. Même le seigneur Gohda ignore ce secret.

Le seigneur Gohda sait que les ninjas Azuma le servent dans l'honneur, au péril de leur vie, délivrant des messages nocturnes aux états voisins et punissent dans l'ombre ceux qui se dressent contre lui. Ils constituent un groupe aussi redouté qu'inconnu, un bras justicier sans visage, enveloppé dans un nuage de secrets. Mais, avant tout, ils sont ses assassins silencieux et sans pitié.