L'histoire se situe quatre ans avant les évenements de Tenchu: Stealth Assassins. La guerre sévit déjà et le seigneur Matsunoshin Godha semble être le seul dirigeant à placer le bien-être de ses sujets avant ses ambitions personnelles. Rikimaru et Ayame sont encore de jeunes ninjas, accomplissant leurs toutes premières missions pour Godha, accompagné de Tatsumaru, l'élève le plus agé de leur maître de combat commun : Azuma Shiunsai. Mais tout s'accélère lorsque l'oncle de Godha, allié avec un pays voisin, envahit le royaume du pacifique seigneur. Leur seigneur directement menacé, les trois élèves de Shiunsai se rendent en urgence sur les lieux tandis que dans l'ombre semble se préparer une menace plus grande encore.

Bien plus travaillé que dans Stealth Assassin, le scénario permet d'en savoir un peu plus sur le passé des héros, tels que les origines de la cicatrice sur le visage de Rikimaru ou du décès de l'épouse du seigneur Godha.