À l'origine, l'émission ne durait que 10 minutes et était diffusée du lundi au vendredi. Michel Cymes était le seul présentateur.

Marina Carrère d'Encausse, rédactrice en chef des émissions santé sur La Cinquième, a fait sa première apparition dans l'émission le 26 février 1999. À partir de cette date, elle a régulièrement co-animé l'émission avec Michel Cymes.

Au fil des années, l'émission a évolué et a changé de nom pour devenir Le Magazine de la Santé en 2000. Elle a également connu une augmentation de sa durée, passant à 52 minutes.

Le Magazine de la Santé a été une émission très populaire, connue pour son approche accessible et informative de la santé. Elle a contribué à sensibiliser le public à de nombreux enjeux de santé publique et a permis à de nombreuses personnes de mieux comprendre leur santé et leur corps.

L'émission a été diffusée pendant 20 ans, jusqu'en juin 2018. Michel Cymes a quitté la présentation de l'émission en 2018, mais il continue d'être une figure active dans le domaine de la communication sur la santé.