La segunda temporada de Los Expedientes Secretos X inicia cuando Dana Scully es reasignada como tutora en la academia del FBI, mientras que a Fox Mulder se le empareja con un nuevo agente y debe encargarse de una situación en donde hay rehenes involucrados. En medio de todos los casos y misterios por resolver, las cosas se complican cuando Scully es secuestrada por alienígenas y regresa tres meses después, en estado de coma y sin poder dar explicación alguna de cómo llegó a tal lugar o qué ocurrió en ese tiempo. Los actores David Duchovny y Gillian Anderson regresan a sus entrañables papeles para resolver los casos confidenciales más extraños.