Durante una gara di corse automobilistiche, il pilota Hiroshi viene coinvolto in un terribile incidente, ma ne esce miracolosamente incolume: com'è stato possibile? Intanto nelle profondità della Terra, in un'oscura grotta sotterranea statue di pietra si animano improvvisamente prendendo fattezze umane. La regina Himika, malvagia sovrana assoluta del popolo Yamatai, è ritornata in vita e fa rapire il professor Shiba, il padre di Hiroshi, per fargli dire tutto quello che sa sulla loro antichissima campana di bronzo, la quale è necessaria per fargli riacquistare tutta la forza e potenza di un tempo.
Ma egli non cede in alcun modo alla violenza di Ikima e finisce per esser buttato giù da un dirupo. Ferito a morte, fa giusto in tempo a dare al figlio Hiroshi i guanti e la collana che in seguito dovranno servir per comunicare con lui: gli affida inoltre l'incarico di proteggere il mondo da questo nuovo terribile pericolo.
Hiroshi è sorpreso dal sentirsi chiamare, attraverso il ciondolo della collana a forma di testa di Jeeg, dalla voce del padre; si dirige velocemente all'istituto antiatomico dove è stato convocato e qui viene al cospetto del computer al cui interno ha ripreso a "vivere" padre, ora esclusivamente come una coscienza virtuale priva di corpo.
Qui gli viene raccontata la vicenda del ritrovamento della campana di bronzo, avvenuto anni prima durante uno scavo archeologico: le iscrizioni in essa parlavano d'una civiltà addormentata all'interno della roccia che un giorno si sarebbe risvegliata per riprender il legittimo possesso della propria antica terra. Il padre conclude rivelando a Hiroshi che lui stesso è Jeeg, un essere invulnerabile.
Poco dopo arriva l'attacco di un mostro alla città, e Hiroshi corre con la sua motocicletta ad affrontarlo. Ancora senza capire bene quello che sta accadendo, mentre precipita nel vuoto colpito dal mostro, unisce le mani (così come gli ha ordinato il padre) e si trasforma in una testa; quella di Jeeg Robot. Miwa dalla navicella chiamata BigShooter gli lancia i componenti che lo completano e, formatosi totalmente, affronta e sbriciola il nemico dopo un accanito combattimento. Una vita nuova e misteriosa si prospetta davanti al campione di corse, destinato a proteggere e tentar di salvare il mondo dalle mire malvagie di conquista del regno di Himika.