La ville de Kobe, au Japon, est en flammes. En ce terrible été 1945, les bombes américaines n'ont laissé aucune maison debout. Seita, un adolescent de 14 ans, doit s'occuper de sa petite soeur de 4 ans, Tetsuko, après la mort brutale de leurs parents. Le jeune homme se tourne tout d'abord vers une lointaine tante, qui refuse tout net de s'occuper d'eux, arguant qu'elle ne peut nourrir deux nouvelles bouches. Les deux orphelins s'installent alors dans un bunker désaffecté, illuminé par des milliers de lucioles. Seita entreprend d'aménager les lieux, pour les rendre le plus confortable possible. Cependant, faute de nourriture et d'hygiène, la petite fille s'affaiblit dramatiquement...