En 1561, Marie Stuart quitte la France et rentre en Ecosse après douze ans d'absence. Veuve du roi François II à seulement 18 ans, Marie veut récupérer le trône d'Ecosse, pays tiraillé entre catholiques et protestants. Mais sa cousine, la reine Elisabeth, va tout faire pour contrecarrer ses plans. Les deux reines s'affrontent par lettres interposées et combats armés. Alors qu'Elisabeth a renoncé officiellement à tout homme pour rester son seul maître, Marie est le jouet de son frère Jacques ou de son second époux Henry, qui la manipulent. Elisabeth finit par condamner à mort sa cousine, soupçonnée à tort de comploter contre elle...