Menteri Agama RI, Yaqut Cholil Qoumas, menyampaikan, Menag saat ini berfokus kepada, hak santri Al-Zaytun untuk tetap mendapatkan hak belajar. Sementara untuk penanganan leading sektor, akan dilakukan oleh Menkopolhukam
Yaqut mengatakan, dirinya akan menunggu pelimpahan dan tugas yang diberikan oleh Menkopolhukam. Menurutnya, penanganan saat ini masih terus berlangsung, namun perlu kehati-hatian
Diketahui, penanganan pidana polemik Ponpes Al-Zaytun juga dilakukan oleh Dittipidum Bareskrim Polri, untuk penyidikan beberapa kasus berkaitan penistaan agama hingga mengenai aliran dana