Die Vereinigung der größten Helden der Welt, die Justice League, ist auf einem spurlos verschwunden und ein bösartiges Phantom hat sich in Scooby-Doo! and Krypto, Too! in der Hall of Justice eingenistet und verbreitet Angst und Schrecken. Die einzigen, die Helfen können sind Scooby Doo und seine Freunde, die mit Hilfe von ihrem neuen Freund, dem Super-Hund Krypto, die verschwundenen Helden suchen.

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