Wapres Ma’ruf Amin menegaskan jika ada penyimpangan maupun penodaan agama di Pondok Pesantren Al Zaytun harus ditindak sesuai hukum yang berlaku. Namun, Wapres menegaskan bahwa dia mengusulkan agar Ponpes Al Zaytun sebagai lembaga pendidikan tidak dibubarkan tapi dibina, karena jumlah murid yang ribuan juga harus diperhatikan nasibnya.