eCitan Kastenwagen und Tourer sind in den Ausstattungslinien BASE und PRO erhältlich. Die Line PRO bietet optische Aufwertungen und noch mehr Funktionalität. So sind die Türgriffe und die Abdeckung der Schiebetürleiste in Fahrzeugfarbe lackiert. Innen- und Laderaum werden mit LED-Technologie beleuchtet. Serienmäßig sind im eCitan PRO ferner das Mercedes-Benz Audiosystem, ein höhenverstellbarer Fahrersitz, eine Klimaanlage, elektrische Fensterheber vorne mit Komfortfunktion sowie ein Kunststoffboden im Laderaum. Das optionale Design-Paket Interieur bietet weitere hochwertige Ausstattungsdetails wie ein Zierteil im Instrumententräger in Hochglanzschwarz, Chromrahmen an den Belüftungsdüsen im Instrumententräger und an den Lautsprechern sowie verchromte Türgriffe im Innenraum.

Das optionale Multimediasystem MBUX (Mercedes‑Benz User Experience) zeichnet sich durch ein intuitives Bedienkonzept per sieben Zoll großem Touchscreen oder Touch Control-Buttons am Lenkrad aus. Darüber hinaus bietet es die Smartphone-Integration von Apple Car Play und Android Auto, die Freisprecheinrichtung per Bluetooth‑Anbindung und Digital Radio (DAB und DAB+). MBUX mit Navigation enthält zusätzlich eine schnelle Festplatten-Navigation, die sich dank des Sprachassistenten „Hey Mercedes“ besonders bequem bedienen lässt. Auch die anderen Infotainment-Funktionen lassen sich mit seiner Hilfe steuern.