Karanlık Sular, dünyanın en büyük şirketlerinden biri ile ilgili karanlık bir sırrı açığa çıkaran bir avukatın hikayesini konu ediyor. Robert Bilott, işinde oldukça başarılı olan bir avukattır. Genç adamın ele aldığı yeni dava, toplumu yakından ilgilendirir. Giderek artan ve nedeni açıklanamayan ölüm vakalarını araştıran Robert Bilott, yaşananların arkasında dünyanın en büyük şirketlerinden birinin olduğunu keşfeder. Olayı iyice araştırmaya başlayan Robert, gerçekleri ortaya çıkarmak için geleceğini, ailesini ve kendi yaşamını riske atar.