L'attuale museo è nato dopo ripetute, parziali e precarie sistemazioni, con l'autonomia amministrativa concessagli nel 1968 e con l'acquisizione, nel 1979, dell'edificio che per un secolo e mezzo aveva ospitato l'Ospedale Civile, nel cuore della città. Già nel 1981 nel cortile interno di questo edificio ha potuto essere realizzata ed inaugurata una prima sezione museale, quella del lapidario romano, mentre cominciava un lungo, delicato e impegnativo lavoro di recupero dell'edificio principale; un lavoro che procede tuttora, a sezioni o a lotti, secondo una razionale segmentazione che, a partire dal 1990, ne ha permesso l'allestimento e la fruizione di una parte cospicua. Il secondo lotto è stato inaugurato nel 1994, a cinquant'anni esatti dalla distruzione del vecchio Museo.

I materiali che costituiscono la dotazione del Museo sono di tipologia molto disparata, ma di provenienza in massima parte locale. Sono frutto delle 'soppressioni' napoleoniche della fine del Settecento, di ritrovamenti archeologici casuali e di scavi appositamente condotti, di donazioni, di acquisti oculati. Il loro ordinamento nel nuovo museo segue, compatibilmente con gli spazi a disposizione, un criterio cronologico, con qualche raggruppamento tipologico parziale (le nature morte, i ritratti, gli stemmi etc.).