Önder Çelik, Cumhuriyet Vakfı Yönetim Kurulu üyesiyken 31 Ekim 2016'da gözaltına alındı, 5 Kasım'da tutuklandı.

Çelik, "Örgüte üye olmamakla birlikte örgüte yardım, görevi kötüye kullanma" iddiasıyla yargılandı. Yayın politikasının sorgulandığı, suç sayıldığı davanın ilk duruşmasında iddianamenin iddialarına "Hoşa gitmeyen yazı ve haberleri toplayıp ‘örgüte yardım ve destek’ gibi niyetler okuyarak suçlar çıkartılamaz” sözleriyle yanıt verdi. 

Silivri Cezaevi'nde geçen 9 ayın sonunda tutuksuz yargılanmak üzere tahliye edildi.

Tutuksuz yargılandığı İstanbul 27. Ağır Ceza Mahkemesi Önder Çelik'e 3 yıl 9 ay hapis cezası verdi. 

Cumhuriyet Vakfı seçimini de yargılayan mahkeme “görev nedeniyle güveni kötüye kullanmak” suçlamasından ise Çelik'e beraat verdi. 

İstinaf mahkemesi de ilk derece mahkemesinin kararını onadı.5 yılın altında ceza aldığı için karar kesinleşti. Önder Çelik yeniden cezaevine girecekti. Bu kez adres Kandıra Cezaevi oldu.

12 Eylül 2019'da Yargıtay 16. Ceza Dairesi, Kandıra'daki eski Cumhuriyet çalışanları için kritik bir karar aldı. Emre İper dışındakilerin mahkumiyetlerini bozdu, tahliye kararı verdi. 

Önder Çelik 4,5 ay sonra bir kez daha 'özgürdü'. 

Kandıra Cezaevi ve Cumhuriyet davası sürecini T24'e anlatan Önder Çelik, "amaç gazetedeki yönetim değişikliğini sağlamaktı" dedi.

Cumhuriyet'te yönetim değişti Önder Çelik'in dediği gibi. Geriye adalet ve hukukun hep sorgulandığı bir dava nedeniyle cezaevinde geçen 13.5 ay kaldı. 

Kandıra Cezaevini "ikinci kez cezaevinde olmak daha zordu" sözleriyle ifade eden Çelik "Bedeniniz de ruhunuz da içeride. Yaşam hakkınızı elinizden aldıkları için öfkeniz var. Ama öfkeyle yaşamayı öğrenmek zorundasınız. Öfkenizi içinizde bağırıyorsunuz" diye konuştu.