જાણીતા રામકથાકાર મોરારિબાપુએ ભગવાન નીલકંઠવર્ણી વિષે વ્યાસપીઠ પરથી કરેલી ટિપ્પણીઓનો વિવાદ વધુ વકર્યો છે નીલકંઠ એટલે ફક્ત ભગવાન શંકર અને જે ઝેર પીવે એ જ નીલકંઠ અને બાકી લાડુડી ખાય તે નકલી નીલકંઠ એવી ઠેકડી ઉડાડતી ટિપ્પણી કરવા બદલ મોરારિબાપુ સ્વામિનારાયણ સંપ્રદાય તેમજ હરિભક્તોના નિશાના પર આવ્યા છે આવી ટિપ્પણી કરવા બદલ સમગ્ર સ્વામિનારાયણ સંપ્રદાય અને તેના તમામ પંથો એક થઈ ગયા છે ઉલ્લેખનીય છે કે, આ વિવાદ થયા બાદ મોરારિબાપુએ એક નિવેદન જારી કરીને કોઈનું પણ મન દુભાયું હોય તો 'મિચ્છામી દુક્કડમ્' કહું છું તેવો વીડિયો જારી કર્યો હતો પરંતુ આ વીડિયોમાં મોરારિબાપુના હાવભાવ જોઈને ફરી સ્વામિનારાયણ સંપ્રદાયના સંતો તથા હરિભક્તોમાં રોષ ફેલાયો છે