Los gemelos resultaban particularmente interesantes para Mengele. Dicho interés radicaba en las profundas influencias inculcadas por Otmar von Verschuer y Ferdinand Sauerbruch del Instituto Kaiser Wilhelm de Genética y Eugenesia, donde se embebió de los conceptos de herencia y raza pura y el problema judío era el núcleo de las discusiones. Mengele, siguiendo los pasos de Von Verschuer, había desarrollado un fuerte interés por los gemelos como una fuente de información acerca de estos conceptos pseudo-científicos, por tanto, cuando supo que Auschwitz era su destino, no pudo ocultar su satisfacción, pues el campo de concentración era un laboratorio lleno de ratas judías. A partir de 1943, los gemelos eran seleccionados y ubicados en barracones especiales. Cuando en la rampa de selección localizaba gemelos, para éstos constituía una esperanza de alargar la vida el pertenecer a esa condición. Los gemelos eran ubicados en un recinto especial y eran tratados algo mejor que los demás internos. Prácticamente todos los experimentos de Mengele carecían de valor científico, pero fueron financiados por el gobierno nazi. Incluyeron, por ejemplo, intentos de cambiar el color de los ojos mediante la inyección de sustancias químicas en los ojos de niños, amputaciones diversas y otras cirugías brutales y, al menos en una ocasión, un intento de crear siameses artificialmente mediante la unión de venas de hermanos gemelos (la operación fue un fracaso y el único resultado fue que las manos de los niños se infectaron gravemente). Las personas objeto de los experimentos de Mengele, en caso de sobrevivir al experimento, fueron casi siempre asesinados para su posterior disección.