Matteo Casali fa il suo debutto come sceneggiatore professionista nel 1996. L'anno successivo fonda (insieme a Giuseppe Camuncoli) il comics lab Innocent Victim, con la pubblicazione del primo numero di Bonerest, successivamente raccolta nel volume Strani Giorni da Magic Press, Speed (Germania), Panini Comics (Francia). Ha creato e scritto la serie di "lucha-noir" Quebrada (Innocent Victim) per la quale escono due volumi, e la trilogia di Silent Dance (Esseffe).

Ha scritto storie per Vertigo Presenta (Magic Press), Sni:z (Fornari), Ragno (Star Shop), Kerosene (Mare Nero) e Black (Coconino Press), ha lavorato all'adattamento a fumetti di sei diverse opere liriche (I Teatri). È stato curatore dell'edizione italiana de L'Uomo Tigre (saldaPress).
A partire dal 2003 escono per Magic Press Bonerest - Secondo Avvento e Bonerest – Denti, gli attesi seguiti di Strani Giorni raccolti nel volume Das Zwaite Kommen pubblicato in Germania da Panini Comics nel corso dello stesso anno. Del 2004 è il primo dei due volumi del graphic novel Sotto un Cielo Cattivo (Magic Press, collana Atmosfere). Collabora con Eura Editoriale per la quale scrive alcune storie brevi e un numero della serie Detective Dante. Del 2005 sono anche le edizioni americane di Silent Dance (Slave Labor Graphics) e della season one di Bonerest (Image Comics), il cui primo numero è andato esaurito nel giro di un mese.
Nel 2007, insieme a Giuseppe Camuncoli, riprende una delle opere del maestro Hugo Pratt, Gli Scorpioni del Deserto, il cui nuovo volume "Quattro Sassi Nel Fuoco" (Lizard Ed.) esce a Lucca 2007 e ad inizio 20008 in Francia e Belgio (Casterman) seguita a breve da una storia della stessa serie realizzata per Specchio, il magazine de La Stampa.
Sempre a fine 2007 l’edizione completa e arricchita di extra della serie Quebrada nel volume La Città delle Maschere (Edizioni BD/Alta Fedeltà). Il 2008 vede la pubblicazione dell'adattamento a fumetti basato sul romanzo "La Neve se ne Frega" della rockstar italiana Luciano Ligabue (Panini Comics).
Nel 2003, primo scrittore italiano a farlo, inizia una collaborazione con la DC Comics per cui scrive Catwoman, Justice League Unlimited e la miniserie Batman: Europa (insieme a Brian Azzarello). Lavora a due progetti di prossima pubblicazione: un graphic novel per DC-Vertigo e una miniserie per DC-Wildstorm.
A partire dal 2006, tiene corsi di Tecniche della Sceneggiatura presso l'Accademia di Belle Arti di Bologna e la Scuola Internazionale di Comics di Firenze.