Sistem zonasi penerimaan siswa baru menuai berbagai masalah & protes dari orangtua siswa di beberapa daerah. Banyak siswa yang justru tidak bisa masuk ke sekolah terdekat, padahal tinggalnya tak jauh dari sekolah itu.

Sistem pendaftaran online siswa baru juga mengalami masalah serupa dan mendapatkan protes dari orangtua siswa. Dari hasil verifikasi faktual dengan sistem online, data jumlah siswa yang menggunakan SKTM berbeda.