ஆரம்ப காலத்தில், முன்னாள் முதல்வர் ஜெயலலிதாவுக்கு நெருக்கமானவராக அறியப்பட்டாலும், ஒரு கட்டத்திற்கு மேல், ஜெயலலிதாவுக்கும் நடராஜனுக்கும் இடையே, பிரச்சினை ஏற்பட்டது. இதன்பிறகு ஜெயலலிதா மறையும்வரை நடராஜனை தூரத்திலேயே வைத்திருந்தார். பல முறை கைது நடவடிக்கைகளும் பாய்ந்தன. நடராஜன் மனைவி சசிகலா, இறுதிவரை ஜெயலலிதாவுக்கு தோழியாக இருந்தபோதிலும், நடராஜனை மட்டும் ஜெயலலிதா ஒதுக்கி வைக்க சில காரணங்கள் இருந்தன.