Estamos em 1940, Francisco e Roberto, comunistas, tentam escapar a Oficiais Nazis nos Alpes franceses. São apanhados pelos alemães. Roberto é morto de imediato. Francisco, num desesperado ato de sobrevivência, diz ter informações relevantes para Himmler: sabe como viajar no tempo!
Também em 1940, no Convento de Cristo, em Tomar, Mafalda Torres, a misteriosa ex-agente do Ministério que já foi responsável pelo atentado a Nuno Álvares Pereira, auxilia João Fernandes e Luís Orvalho, resistentes comunistas clandestinos a fugir para o século XXI. Dá-lhes dinheiro e bilhetes de avião com destino ao Brasil.
Em 2016, Luís e João instalam-se numa pensão barata. João tem consigo uma fotografia da família que deixou para trás.
Salvador recebe as notícias de um encontro secreto entre Salazar e Hitler e chama a patrulha. Teme que este desvio histórico tenha consequências graves, Himmler tinha sido o único alto cargo alemão da época a visitar Portugal - ao Convento de Cristo por acreditar que era onde se encontrava o Santo Sudário.
Ernesto é enviado para 1940. Vai disfarçar-se de empregado de mesa e assim espiar o encontro entre Himmler e Mário Pais de Sousa, o ministro do interior do governo português. Ernesto aproveita para colocar o quarto de Himmler sob escuta.
Em 2016, João adoece e fica incapaz de viajar. Encoraja Luís a partir para o Brasil. Este acede a contragosto, mas antes de partir chama um médico para ajudar o seu camarada.
Pouco depois, o Ministério é alertado para um paciente que deu entrada nas urgências a delirar sobre viagens no tempo... E tem em seu poder uma prova de que veio de outra época. De imediato, Salvador envia Amélia, Tiago e Afonso, com a missão de interrogar o misterioso homem.
Através do misterioso homem e da escuta colocada por Ernesto descobrem que está a ser preparada uma alteração da nossa História, mas acima de tudo o Ministério do Tempo pode também estar comprometido. Ministério do Tempo é a mais surpreendente série realizada no nosso país. Com recurso aos mais avançados meios de produção, irá atrair o espectador à medida que percorre, de forma impressionante, os quase nove séculos da História de Portugal. As figuras que mais a marcaram cruzam-se em encontros insólitos e originais, viajando entre várias épocas, criando enredos inesperados e vivendo situações fantásticas.
O tempo a juntar passado e presente numa profusão de acontecimentos prodigiosos. Ministério do Tempo é uma emocionante série repleta de aventuras, com todos os ingredientes para se tornar na série mais inesperada do ano e que vai prender ao ecrã miúdos e graúdos, dos 8 aos 80!