Etimológicamente "Masaya", antiguamente "Mazātlān"
deriva del idioma de los nahuas (una variante del náhuatl o pipil)
y proviene de la palabra mazātl que significa "venado" y la partícula -tlān que denota "sitio o lugar". Es decir, "lugar de venados".

Es conocida como "Ciudad de las flores" y "Cuna del folclore nicaragüense" por su gran vigor cultural, no obstante, dado que Nicaragua es pluricultural, en la actualidad se ha denominado a Masaya como Capital del folclore nicaragüense.