40 % e ujërave shqiptare lumore dhe detare janë të ndotura çka përbëjnë një risk serioz për detin Adriatik dhe Jon dhe gjallesat që rriten në to, pasi nëpërmjet lumenjve shkarkohen ujëra të zeza dhe mbetje urbane të papërpunuara më parë. Bashkimi Europian i ka dhënë një rëndësi të veçantë cilësisë së ujërave dhe ky vlerësim është bërë nga Agjencia Europiane e Mjedisit me seli në Vjenë.