En un tranquilo pueblo costero de Japón, Kubo es un joven inteligente y astuto que vive con su madre. Él se gana la vida como un original cuentacuentos, acompañándose de figuras de origami para entretener a los aldeanos que acuden a escuchar sus historias. Pero un día, por error, Kubo invoca sin querer al espíritu del pasado, una entidad vengativa que regresa para llevar a cabo su plan de venganza milenario.