Leonardo, Raphael, Michelangelo y Donatello, las tortugas ninja, tendrán que enfrentarse en esta segunda entrega al malvado Shredder. Para acabar con los cuatro superhéroes, el villano secuestra a Baxter Stockman, el científico responsable de la mutación de las tortugas. Además, Shredder recluta a dos secuaces, Bebop y Rocksteady, un rinoceronte y un jabalí, para aniquilar a sus enemigos.