Após derrotar todos os Doc Robots, Rockman será desafiado mais uma vez pelo misterioso Proto Man, dessa vez sob o pseudônimo de Break Man. Após a luta, Rockman retorna ao laboratório de Dr. Right e acaba descobrindo através de seu criador que Gamma, após receber o último elemento de energia, foi roubado por Dr. Wily, planejando usá-lo para governar o mundo. Sem tempo a perder, Rockman adentra o castelo de Dr. Wily para acabar com os seus planos mais uma vez. Logo no início de sua aventura pelo castelo, Rockman será confrontado por uma máquina chamada Kamegoro Maker, que irá atacá-lo com a ajuda de tartarugas robôs que são chamados de Goro.

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