Wie in vorherigen Crysis-Folgen unterscheidet der Nanosuit genannte Kampfanzug Crysis 3 von dem Gros der Ego-Shooter. Der Nanosuit verbindet sich fest mit Prophets Körper. Dieser Symbiose verdankt Prophet Spezialfertigkeiten wie Unsichtbarkeit oder zusätzliche Panzerung. Der Einsatz beider Fähigkeiten verbraucht jedoch Energie, so dass man den Anzug sparsam gebrauchen sollte. Mit aufgelesenen Artefakten verbessert man die Eigenschaften des Nanosuits.