Il gameplay di Samurai vs Zombies Defense prevede una fase di organizzazione delle risorse e un'altra in cui dovrai lottare contro i non morti. Nella prima devi spendere i tuoi crediti per potenziare le difese, mentre nella seconda controlli direttamente il personaggio. I power up acquistabili sono numerosissimi, e a ogni livello completato avrai dei crediti spendibili per migliorare le armi, acquistare poteri speciali o arruolare nuovi guerrieri. Questi crediti sono anche guadagnabili attraverso un minigioco accessibile dal menu.