Manigod se situe dans la partie sud est du Massif des Aravis, dans la vallée portant le nom du village. Le village est bâti sur la rive droite du cours supérieur du Fier qui prend source au Mont Charvin. Le village est structuré de hameaux : Le Chenavray, Villard-Dessous, Manigod, Villard-Dessus, les Choseaux, Joux, Tournance, la Charmette, Montpellaz et le Col de la Croix Fry.