Il y a quinze ans, la Terre a fait l’objet d’une invasion extraterrestre. Des monstres ont surgi des mers, et pour faire face à ce danger, l’humanité a créé une force spéciale dotée des dernières technologies de pointe : l’équipe Xio. De nos jours, tandis qu’il combat l’un de ces monstres, l’un des membres de Xio, Daichi Ôzora, entend une mystérieuse voix lui disant « Unissons-nous », avant de baigner dans une lumière radieuse. C’est ainsi qu’il fusionne avec Ultraman et devient Ultraman X. Aidé de cet être de lumière, il va pouvoir faire face à ces créatures qui menacent la Terre…