A l’occasion de chacun de ses contrôles, la Cour formule des recommandations. Elle en assure le suivi et en présente une analyse dans son rapport public annuel.

La Cour évalue à 70 % en 2014 la part de ses 1 924 recommandations formulées en 2011, 2012 et 2013 qui ont été totalement ou partiellement suivies d’effet.

Quatre exemples récents de prise en compte des recommandations de la Cour sont illustrés : les avoirs bancaires et les contrats d’assurance-vie en déshérence , le « pantouflage » des élèves des écoles normales supérieures, les deux gares TGV de Lorraine et l’optique correctrice.