En novembre 1963, il rejoint une loge maçonnique dans laquelle il atteint rapidement le troisième degré (maître maçon). Il est encouragé par le Grand Maître Giordano Gamberini à former un cercle de gens importants dont certains pourraient devenir maçons mais dont tous pourraient se révéler utiles au développement de la maçonnerie. Gelli recrute au départ des officiers en retraite, puis des officiers de l'active et recrute finalement dans l'entière structure du pouvoir en Italie. Cette loge opère au sein de l'obédience maçonnique du Grand Orient d'Italie.

Ancien maître maçon de la loge P2, proche de Silvio Berlusconi, membre de cette même loge, Licio Gelli a été l'un des appuis majeurs de sa montée au pouvoir.

Il a été soupçonné d'être impliqué dans de nombreux scandales italiens des années 1970, 1980 et 1990 (Tangentopoli, qui a mené à l'opération d'anti-corruption de Mani pulite ; Gladio, les réseaux anticommunistes stay-behind de l'Otan ; le scandale de Banco Ambrosiano, dont la Banque du Vatican était le principal actionnaire, et qui mena à l'assassinat du directeur de la Banco Ambrosiano, Roberto Calvi, surnommé par certains "Le Banquier de Dieu", ami de Licio Gelli ; le meurtre du premier ministre italien Aldo Moro en 1978) ; l'attentat de la piazza Fontana (1969) et l'attentat de la gare de Bologne (1980), une tentative de sécession de la Sicile par la mafia avec l'aide de la Libye.

Licio Gelli, qui avait été fait comte par le roi Humbert II après la proclamation de la république, était également un membre des chevaliers de Malte.

Il vit maintenant en résidence surveillée dans sa villa Wanda à Arezzo, en Toscane.